第三，财政投入效率有待提高。一是公共卫生费用使用“重医疗、轻预防”，卫生事业费中，公共性更强、社会效益大的防治防疫部门和妇幼保健部门经费比例，低于提供临床服务的医院经费。国家卫生事业费主要用于对医疗机构的补贴。二是农村公共卫生投入中，人员经费所占比重过高。财政资金使用结构不合理还体现在政府财政预算补助主要用于解决县、乡卫生机构离退休人员工资，用于卫生机构开展业务和改善服务设施的资金越来越少。农村卫生机构的正常运行与发展，几乎全靠自身业务收入解决。政府资金投入总量不足，结构不合理以及低效率等问题，严重影响了公共卫生体系的正常运转。
完善公共卫生投入机制的建议如下：第一，确立公共卫生领域的财政主导地位并发挥财政的主导作用。经济发展到一定阶段，用于教育、卫生、社会福利开支增加。建立多渠道筹资机制，政府应建立以财政预算为基础，以民政部门、红十字会、民间团体、个人捐赠等为补充的多渠道筹资机制。为了吸引私人投资公共卫生事业，政府可对私人投资社区医疗、卫生保健等领域，制定相应的税收优惠政策。社会各界向公共卫生事业捐赠，捐献者可依法享受国家规定的税收抵免，对捐赠款物实行专项管理。