微生态制剂是根据肠道微生态的原理，利用对宿主有益的正常微生物及其代谢产物和（或）促进其生长繁殖的物质制成的制剂。这类制剂包括：①益生菌：如双歧杆菌、乳酸菌等制剂。②益生元：如乳果糖、蔗糖低聚糖、大豆低聚糖等。③合生元：系益生菌与益生元的合成制剂。
1）益生菌（Probiotics）：肠道中有些细菌是具有潜在危害的，可产生毒素，侵犯肠黏膜，激活致癌原或引起炎症反应。另一类有益于健康的肠道微生物可促进肠黏膜屏障功能，向肠道相关的淋巴样组织传递成熟信号，平衡促炎性及抗炎性细胞因子的产生，从而在肠道内创造宿主与微生物之间良好的相互作用，并通过启动上皮更新，黏膜血流及蠕动而影响黏膜免疫系统的发展与功能，这类细菌称益生菌。
我国被批准作为治疗药物的益生菌菌种包括双歧杆菌、乳酸杆菌、乳酸链球菌、肠球菌粪链球菌、芽孢杆菌和酵母菌。在制剂中有的为单一菌种，有的为几种菌联合使用。目前国内常见的制剂包括：培菲康（主要含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌及肠球菌）、米雅（酪酸菌）、丽珠肠乐（双歧杆菌）、整肠生（地衣芽孢杆菌）、金双歧（含长双歧杆菌、保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌）、美常安（屎肠球菌和枯草芽孢杆菌）等。