起义爆发后，方腊自号“圣公”，建年号为“永乐”。起义军砍伐了大量毛竹，削尖了作为武器；在一两个月的时间里，连破青溪、睦州、杭州等地。警报传至开封，北宋政府非常惊惶。宋徽宗命令童贯等统率十五万大军，前往镇压。
第二年（1121）春，起义军又连续攻占婺（wù）州（今浙江金华）、衢州（今浙江衢州市）、处州（今浙江丽水）等地。童贯到东南后，采取软硬兼施的办法：一面下令把办理“花石纲”的“苏杭应奉局”撤销，并且请求宋徽宗把主办“花石纲”的朱勔父子免职，以缓和人民的斗争情绪；一面迅速调集军队，水陆并进，向起义军大举进攻。
起义军在杭州和官军展开激战，方腊为了保存力量，从杭州撤退，回到根据地睦州。接着，双方又在睦州附近的桐庐展开激战，起义军失败。官军加紧进攻睦州，坚守睦州的起义军由于军粮不足，武器缺乏，最后退守青溪的帮源洞和梓桐洞。童贯率军进逼，重重围困起义军，断绝起义军的一切接济。1121年夏，方腊等起义军首领五十多人在苦斗中被俘；起义军七万余人，英勇战斗，粮尽援绝，全部壮烈牺牲。这年秋天，方腊在东京（开封）被宋统治者杀害。