史家点评：
雄武之度，虽有愧于前王；恭俭之德，足追踪于住烈矣。
——唐·房玄龄《晋书》
司马衍对庾亮专权很不满，他虽然无权，但也时常谴责庾亮。东晋政权能够维持，离不开琅邪郡大族王家的支持。若是没有王导，当年的司马睿就不可能称帝。所以明帝司马绍也不敢得罪他们，即使王敦谋反，仍然重用王导，因而王家在朝中的势力还是很大的。为了排挤王家，庾亮的几个弟弟庾怿、庾冰、庾条、庾翼等，都身居要职，庾氏一党非常嚣张。江州刺史王允之还曾收到庾怿送去的毒酒，他怀疑其居心不良，就把酒喂了狗，结果狗当场就被毒死了。王允之又怒又怕，就悄悄把这件事告诉皇帝，小皇帝气得大发雷霆：“大舅舅已经成了天下的大害，难道小舅舅也要做恶人吗？”王家势力很大，庾怿也得罪不起，如今他的阴谋败露，就只好服毒自杀了。不过司马衍对庾氏的不满也只能嘴上说说，拿他们毫无办法。庾亮的胆子也越来越大，经常借着皇帝的名号发布诏令，还对司马衍呼来喝去的，根本不把他放在眼里。
咸和三年（公元328年）正月，临淮太守苏峻造反。苏峻是司马宗的密友，司马宗被杀，激起了他的满腔怒火，于是他进军建康，讨伐奸臣庾亮。庾亮其实没什么能耐，加上他专权作恶不得人心，所以苏峻的人马很快就攻占了建康。庾亮几兄弟都仓皇出逃了，根本无人理会小皇帝，司马衍就落到了苏峻手里。苏峻不仅打着皇帝的名号滥发诏令，还大肆挥霍宫中的财物，甚至虐待司马衍。司马衍靠着仓库中的几石米勉强度日，才没被饿死。而他胆小懦弱，吓得只会哭，根本没有父亲司马绍的勇敢。后来太后下诏，命老臣王导号令吴郡、吴兴和会稽三地起兵勤王。各地纷纷响应，逃出去的庾亮等人也在浔阳集合人马返回建康。数月之后，终于打败叛军，并杀死了苏峻。司马衍又回到了庾亮的手中，继续做傀儡。