史家点评:
雄武之度,虽有愧于前王;恭俭之德,足追踪于住烈矣。
——唐·房玄龄《晋书》
司马衍对庾亮专权很不满,他虽然无权,但也时常谴责庾亮。东晋政权能够维持,离不开琅邪郡大族王家的支持。若是没有王导,当年的司马睿就不可能称帝。所以明帝司马绍也不敢得罪他们,即使王敦谋反,仍然重用王导,因而王家在朝中的势力还是很大的。为了排挤王家,庾亮的几个弟弟庾怿、庾冰、庾条、庾翼等,都身居要职,庾氏一党非常嚣张。江州刺史王允之还曾收到庾怿送去的毒酒,他怀疑其居心不良,就把酒喂了狗,结果狗当场就被毒死了。王允之又怒又怕,就悄悄把这件事告诉皇帝,小皇帝气得大发雷霆:“大舅舅已经成了天下的大害,难道小舅舅也要做恶人吗?”王家势力很大,庾怿也得罪不起,如今他的阴谋败露,就只好服毒自杀了。不过司马衍对庾氏的不满也只能嘴上说说,拿他们毫无办法。庾亮的胆子也越来越大,经常借着皇帝的名号发布诏令,还对司马衍呼来喝去的,根本不把他放在眼里。
咸和三年(公元328年)正月,临淮太守苏峻造反。苏峻是司马宗的密友,司马宗被杀,激起了他的满腔怒火,于是他进军建康,讨伐奸臣庾亮。庾亮其实没什么能耐,加上他专权作恶不得人心,所以苏峻的人马很快就攻占了建康。庾亮几兄弟都仓皇出逃了,根本无人理会小皇帝,司马衍就落到了苏峻手里。苏峻不仅打着皇帝的名号滥发诏令,还大肆挥霍宫中的财物,甚至虐待司马衍。司马衍靠着仓库中的几石米勉强度日,才没被饿死。而他胆小懦弱,吓得只会哭,根本没有父亲司马绍的勇敢。后来太后下诏,命老臣王导号令吴郡、吴兴和会稽三地起兵勤王。各地纷纷响应,逃出去的庾亮等人也在浔阳集合人马返回建康。数月之后,终于打败叛军,并杀死了苏峻。司马衍又回到了庾亮的手中,继续做傀儡。