直皖之战与奉直之战
冯国璋代理总统时，段祺瑞仍为国务总理。段祺瑞是安徽人，冯国璋是直隶人，一时遂有皖系和直系的名目。当我国加入欧战时，曾大借日款，练成参战军，以段祺瑞为督办。欧战既终，改为边防军。民国九年（1920），第三师师长吴佩孚自衡阳撤防北上，段祺瑞将边防军改为定国军。两军在近畿冲突，定国军战败。段祺瑞遂辞职。是为皖直之战。
皖直战后，曹锟为直鲁豫巡阅使，吴佩孚副之；王占元为两湖巡阅使；张作霖为东三省巡阅使，又兼蒙疆经略使，节制热察绥三区。民国十年（1921），湖南军队攻入湖北，给吴佩孚打退，遂代王占元为两湖巡阅使。十一年（1922），直系各军，又和入关的奉军在近畿冲突，奉军败退出关，是为直奉之战。战后，东三省遂独立。
孙中山先生返粤与陈炯明之叛变
其时南方亦因军人跋扈，不能贯彻护法的主张，孙中山等遂离粤赴沪。先是陈炯明以广东军队，驻扎漳泉。九年（1920）7月，自漳泉回粤。南方主席总裁通电取消独立，徐世昌据之下令接收。孙中山等通电否认，旋回粤，再开政务会议。十年（1921）4月，国会议决《中华民国政府组织大纲》，选举孙中山为大总统，以5月5日就职。孙中山宣言：徐世昌傥舍弃非法总统，自己亦愿同时下野。是年，粤军平定广西，孙中山遂在柱林筹备北伐。十一年（1922）4月，中山将大本营移设韶关。陈炯明走惠州。中山以5月发兵北伐，入江西。6月2日，徐世昌辞职。曹锟等请黎元洪复位，黎元洪要求各督军、巡阅使“即日解除兵柄，与元洪相见于都门”。这自然是空话。旋因各督军复电表示赞成，就先行入都了。