第五，科学研究在组织形式。自然科学研究以集体劳动为主，人文社会科学研究以个体劳动为主。自然科学的时代性较弱，继承性较强；人文社会科学的时代性较强，继承性较弱。自然科学体现的是一种以探索、求实、批判、创新为核心的科学精神；人文社会科学体现的是以追求真善美等崇高的价值理想为核心，以人的自由和全面发展为终极目的的人文精神。
总之，人文社会科学与自然科学在许多方面都存在着差异，这里远未穷尽它们之间的差别，正是这些差异使人文社会科学成为与自然科学相区别的相对独立的知识体系。
人文社会科学与自然科学的联系主要表现在以下几方面：第一，由于所有人文社会规律的本原都是自然规律，则所有人文社会科学均可以把其假设前提建立在自然科学基本公理的基础之上，以完全消除可能存在争议的主观假设。第二，由于人文社会规律综合体现了多种自然规律的具体内容，则所有人文社会科学均可综合地采用各种自然科学的方法来描述。第三，由于人文社会规律在开放系统的整体效应上体现了自然规律的发展方向，则人文社会科学在整体上可以看作是自然科学的特殊组成部分，且其最终归宿是自然科学化。第四，由于人文社会规律在更高的逻辑层次上来体现自然规律的客观内容，则人文社会科学要比一般的自然科学具有更大的抽象性，并遵循更为复杂的逻辑法则。当科学技术和人的思维能力处在较低水平时，人们不能正确反映具有较高抽象性的人文社会规律，既不能把人文社会规律的研究建立在基本公理基础之上，也不能进行较为复杂的逻辑推理，为此人们不得不做一些大胆的主观假设和主观判断，以消除大量不确定变量，简化人文社会科学的研究程序，这就决定传统的人文社会科学具有较多的主观假设前提和较少的基本公理。第五，由于人文社会规律以更大的偶然性和波动性特征来体现自然规律的必然性特征，即人文社会规律往往需要通过很多偶然的而又不可逆转的社会事件才能体现出来，人文社会科学所阐述的各种人文社会规律往往不容易得到实证，这就决定了人文社会科学具有较强的思辨性而较弱的实证性。第六，由于人文社会规律以更多的模糊性和混沌性特征来体现自然规律的确定性特征，即各种人文社会规律由于变量太多、太复杂往往不容易清楚而准确地呈现在人们的面前，人们通常只能进行不精确的定性分析。其结果是，根据相同的社会事件，人们可以从不同的观察角度，总结出若干不同的甚至是完全对立的社会规律，形成不同的甚至是完全对立的社会科学理论，而且彼此都没有充分的理论根据来论证自己的观点或驳倒他人的观点，这就决定了社会科学具有较高的模糊性、多样性和矛盾性，具有较低的精确性、单一性、同一性。第七，由于社会规律以更充分的主动性和创造性特征来体现自然规律的客观规定性特征，即人不仅能够被动地适应环境，而且能够积极主动地选择环境、改造环境和创造环境，在一定程度可以根据自身的主观愿望或利益关系灵活地选择和运用社会规律，并进行一些主观假设与模糊判断，这就决定了人文社会科学具有较为强烈的主观意志性、情感倾向性和阶级性，具有较少的客观性、理性和公正性。