昭蒙郡设有昭南土司，从四品，世袭，统治昭南人，每代土司都要受大商册封，为大商国戍卫昭蒙郡南部。昭蒙郡北部为昭蒙府管辖，设郡守，正四品，负责管理昭蒙郡政务、司法。设昭蒙都尉，从四品，管理昭蒙郡军事。昭蒙都尉受西南道经略使衙门和平西王府双重管辖。
由于大商国的土司都是世有其地、世管其民、世统其兵、世袭其职，所以实际上昭蒙郡守和都尉驻扎在这座郡里，只能享有一半的权力，有时郡守和都尉还要受土司的气。比如郡北部发生了命案，而凶手逃入了郡南土司管辖区，那么郡守衙门和县衙门的捕快便不能随意进入郡南土司辖区抓人。
就连横行大商的东卫番役们，到了土司辖区也不能像平时那样嚣张，免得激怒了蛮子，不小心被那些蛮子打死。居住在昭蒙郡北部的人，称为昭北人，居住在昭蒙郡南部的人，称为昭南人。昭南人尚武，民风既淳朴又彪悍，生活方式较为原始。所以昭北人对昭南人有一种天生的畏惧，但是双方真的打起来，昭南人并不占便宜，因为弓弩、兵器等物还是昭北和中原一带的更精巧，更有战力。