此间，何应钦参与了台儿庄战役的上层决策，指导和指挥了徐州会战，参与制订了武汉会战的计划。在其第四战区司令长官之职由张发奎接任后，他本人以参谋总长身份，往来于各战区、战场之间，先后参与指导了南昌、随枣、长沙和桂南、浙赣会战。
太平洋战争爆发后，何应钦奉命宣布中国军队开入缅甸设防，并指导入缅远征军攻占缅甸仁安羌，次年指导缅北会战，获一等卿云勋章、一等景星勋章，英皇乔冶六世授予的二级军师荣誉会员勋章。
1944年9月，何应钦指挥了桂柳战役和贵州战役。尽管日军先后占领桂林、柳州，但企图从桂黔向四川进攻的阴谋最终破产。
此时，蒋介石培养的得力助手陈诚羽翼已丰，尽管何应钦自西安事变之后，已经对蒋介石死心塌地，但到1944年，蒋介石仍迫不及待地要求何让位于陈，他对何应钦说：
“敬之啊，你身兼数职实在忙不过来，保个人任军政部长吧。”
何应钦一时没有反应过来，连忙说：
“不忙，我一个人完全忙得过来。”
但不久蒋介石旧事重提，何应钦这才明白，蒋介石真要拿下他当了14年的军政部长，于是明确推荐顾祝同接任，蒋介石却提名陈诚。何应钦心中不服，便对部下抱怨道：